一.营养 营养物质是否合理提供，培养料的配比是否得当，不仅关系到食用菌的生长发育和高产如否，而且还常常关系到杂菌的消长。例如利用食用菌控制细菌的繁殖，又如采用木屑等做培养料，许多杂菌尤其是细菌缺少响应的酶系，无法利用这类基质，从而受到了抑制。反过来说，如果配方中采用过多的麦麸、玉米面、谷糠等基质进行生料栽培，由于其还有丰富的可溶性糖分及淀粉类等营养，就容易被杂菌利用，掌握不好就造成杂菌污染。因此，研究食用菌与杂菌在营养要求上的共性和特性，是控制杂菌的很重要的一环。
二.温度 食用菌除个别菌种如草菇外，绝大多数要求温度都较低，而杂菌则多数喜欢高温。在食用菌菌丝生长范围内，采用偏低的温度，虽然菌丝生长较慢，但却粗壮有力，菌丝生物量充足，出菇产量也高，并且杂菌会明显减少。一次食用菌研讨会上，一位黑木耳生产企业，该企业黑木耳单产始终维持在（17*33袋）一两以上，负责人明确表示，他没有什么秘诀，就是采用头几天26-28度发菌，以后就20度左右的低温发菌，杂菌污染特少。
三.酸碱度 强调“要想有效的抑制杂菌生长，让环境呈碱性而绝非酸性”，所以很多种菇新手，只是简单的用白灰水喷洒一下菇房，或者在栽培场地撒点白灰面就算消毒了，杂菌污染还很少。对老菇房的处理，用氢氧化钠喷洒效果就相当不错，可有效的预防杂菌滋生。棉籽壳为什么能在平菇生料栽培中杂菌污染少，与棉籽壳本身呈碱性有关。
四.水分于湿度 食用菌菌丝生长阶段需要较低的湿度，而杂菌则常发生在高湿环境中。因此食用菌菌丝生长阶段保持60%一下的空气湿度，可以有效的控制杂菌生长。去年一位平菇种植户在高温时为了降温，往发菌袋上喷洒井水导致3万袋杂菌污染这个惨重的教训。在食用菌子实体生长阶段，虽然急需水分供应，但切忌往菇床上大量喷水，对低湿性食用菌，采用空中喷雾的办法，对高湿性食用菌可采用通入蒸汽的方法。特别注意的是防治静止高湿，静止高湿有碍菇体的蒸腾作用，会导致菇的大面积死亡，并且病虫害滋生猖獗。
