食用菌的原种、栽培种接种后萌发不正常主要表现为两种情况，一是不萌发或萌发缓慢；二是萌发出的菌丝纤细无力，扩展缓慢。其发生原因的分析思路：培养温度→培养基含水量→培养基原料质量→灭菌过程及效果→母种/原种。对于接种物不萌发、或萌发缓慢、或扩展缓慢来说，这几个方面的因素必有其一，甚至可能多个因子共同影响。
一、培养温度过高或过低
培养温度过高或过低会造成接种物不萌发、萌发迟缓、生长缓慢。
二、含水量过高或过低
尽管拌料时加水充足，但由于拌料不均匀，造成培养基含水量的差异，含水量过高或过低的菌种瓶（袋）接种物萌发缓慢
三、培养基原料霉变
正处霉变期的原料中含有大量有害物质，这些物质耐热性极强，在高温下不易分解变性，甚至在高压高温灭菌后仍然保留其毒性，接种后菌种不萌发。具体确定方法是将培养基和接种块取出，分别置于PDA培养基斜面上，于适宜温度下培养，若不见任何杂菌长出，而接种块萌发、生长，即可确定为这一因素。
四、灭菌不彻底
培养基内留有大量细菌，而不是真菌。培养基中残留和继续繁殖增加的细菌，多数情况下无肉眼可见的菌落，有时在含水量过大的瓶（袋）壁上，在培养基的颗粒间可见到灰白色的菌膜。多数食用菌在有细菌存在的基质中不能萌发和正常生长。具体检验方法如下：在无菌条件下取出菌种和培养料，接种于PDA斜面上，于适温条件下培养，24-28小时后检查，在接种物和培养料周围都有细菌菌落长出。
五、母种（原种）菌龄过长
菌种生产者应使用菌龄适当的母种，多种食用菌母种使用最佳菌龄都在长满斜面后1-5天，栽培种生产使用原种的最佳菌龄在长满瓶（袋）14天之内。在计划周密的情况下，母种和原种生产、原种和栽培种的生产紧密衔接是完全可行的。若母种长满斜面后一周内不能使用，要及早置于4-6℃环境中保存。
