当菌丝吃透料层，秸秆由黄色变为黄白色或白色时，就快出菇了。这时要根据湿度、温度、食用菌长势和质量要求等因素采取喷水、通风、覆土等管理措施。头潮菇采收后，消除表面的杂物和死菇，用湿润新土将采后留下的空穴补平，并适当补充养分。
利用棉柴秸秆栽培食用菌，又因食用菌品种、原料、栽培设施、地理气候条件等因素不同，使其栽培方法各不相同，再加上原料组合不一，产品价格不一，在实际生产中，基于以上的基本流程，各地因地制宜出现了多种多样的食用菌栽培模式。
利用棉柴秸秆种植双孢菇：又名白蘑菇，其肉质鲜嫩，味道鲜美，富含蛋白质、多种氨基酸等，因此享有“植物肉‘的美称。栽培主料是棉柴秸秆和畜禽粪，很适宜农户生产。
（1）选择适宜的种植时间：双孢菇菌丝在8℃～27℃均可生长，最适生长温度20℃～22℃；子实体在8℃～18℃均可生长，最适温度10℃～15℃。据此，我国北方地区。双孢菇一般在8月上中旬沤制原料，8月下旬到9月上旬播种，中下旬覆土，10～12月采收，第二年还可收一季春菇。
（2）栽培场所：利用日光温室或大棚（东西走向，坐北朝南），棚上盖草帘，温度低时可卷起草帘利用日光增温。在棚内建南北走向菌床，菌床可搭架成2层或3层，每层间距50厘米。菌床宽120厘米，床间留60厘米的作业道。
（3）培养料的配制和发酵方法：
①培养料的配制方法。一种是禽畜粪（干重）57%，麦秸40%，石膏粉、石灰、过磷酸钙各1%。另一种是棉柴秸秆或玉米秸秆89%，石灰、复合肥各2%，石膏、尿素各1%，豆饼5%，外加250～500公斤人粪尿。玉米秸秆在发酵前用铡草机切成3～5厘米左右，禽畜粪要晒干，同时防止被雨水冲洗。
②培养料的堆制与翻堆。将干粪过筛，把棉柴秸秆粉碎。玉米可在建堆前3～4天，用2%的石灰水浸泡24小时，控制含水率65%～70%左右，另外，提前2～3天把粪肥加水拌湿。建堆时先把秸秆铺30厘米厚，宽2米，长度不限，再在上面撒一层调湿的畜禽粪，厚约5厘米，这样循序一层层堆起来，最上层用粪盖顶，堆高1.5米左右。堆好后，上面放些凉席、草帘之类，预防日晒雨淋，堆向南北为好。堆积发酵需要25天，其间翻堆4～5次，并不断加入矿物质。第一次翻堆为7天，将石灰、石膏粉、豆饼加入里面，人粪尿按比例加入一半；第二次为6天，将另一半人粪尿加入。同时加入尿素、复合肥、过磷酸钙；第三次是5天，第四次是4天，应把握水份，用手拧秸秆滴出两、三滴水为准。第五次是3天，不加水。当棉柴秸秆由白色或浅黄色变成咖啡色，料松有弹性，并伴有香味时说明已经发酵好。
③培养料的后发酵。将前期发酵料趁热拆堆移入菇房，进行短时间的高温发酵，目的是改变培养料理化性质，增加其养分，彻底杀虫灭菌。方法是：将料堆在床架上层，关闭门窗和通风口，通过蒸气和炉火使温度升高到60℃以上保持5～6小时，温度降到25℃左右时，维持4天后，即可播种。当料温降至常温后，将料摊开，厚度20～25厘米左右。
